Une catastrophe dune ampleur sans précédent sest abattue sur notre planète, causant la mort de la moitié de la population et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet évènement terrible que lhistoire retiendra sous le nom de « Second Impact », les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne. Cest alors quun jeune homme de 14 ans, Shinji Ikari est convoqué à Tokyo 3 par son père. Au même moment, une créature géante, un « Ange » apparaît sur la ville. Shinji est conduit au quartier général de la NERV, une organisation ultra secrète, afin dy rencontrer son père, Gendô Ikari, quil na pas vu depuis 10 ans. Celui-ci lui révèle que la NERV a développé une arme humanoïde gigantesque dans le plus grand secret. Il ordonne à Shinji de prendre immédiatement les commandes de ce géant et daller affronter lAnge. Cest ainsi que Shinji fait la connaissance de lEva-01.
